Haruto Kirishima a trăit o viață calmă în mediul rural, departe de viața rapidă a orașului. Apoi, pe neașteptate, a apărut în viața sa Yuzuki Eba care a venit din Tokyo pentru a pentrece puțin timp alături de familia ei. Timpul lor împreună l-a lăsat pe Haruto însuflețit cu amintirile acelei perioade scurte înainte ca ea să dispară brusc din viața lui și să-l lase plin de întrebări.

Kimi no Iru Machi începe ceva mai târziu după plecarea Ebei, după ce Haruto se mută în Tokyo pentru a trăi împreună cu sora sa și pentru a-și continua cariera de bucătar. Totuși, în realitate el își dorește să fie cu Yuzuki. Lucrurile nu încep bine, iar când ajunge în Tokyo este confundat cu un hoț și atacat de vecinul surorii sale, Mishima Asuka. După ce neînțelegerea este clarificată, sentimentele sale încep să fie neclare. Este Eba, care îl evită pentru niciun motiv, cea menită pentru el sau pentru Asuka?