Tsubasa Kazanari și Kanade Amou, duetul de idolițele cunoscut sub numele de Zwei Wing, își folosesc cântecele pentru a alimenta armele antice cunoscute sub numele de „symphogears” pentru a combate o rasă extraterestră mortală numită „Noise”. În timp ce publicul larg este conștient de existența Noise, cunoștințele despre symphogears sunt păstrate un secret. Când Noise atacă unul dintre concertele trupei Zwei Wing, Kanade se sacrifică pentru a proteja o tânără pe nume Hibiki Tachibana, lăsând-o pe Tsubasa devastată și un fragment din symphogear-ul său încorporat în Hibiki.
Trec doi ani și Hibiki este din nou târâtă într-un atac al Noise. În timp ce salvează o copilă care a fost lăsată în urmă în timpul evacuării, ea trezește puterea symphogear-ului lui Kanade aflat în ea. Deși Tsubasa încă se întristează pentru pierderea lui Kanade, ambele fete trebuie să învețe acum să lucreze împreună folosindu-și puterile pentru a apăra umanitatea împotriva Noise.