Cu mii de ani în urmă, anticul dragon Bahamut a făcut ravagii în țara Mistarcia, o lume în care atât zeii cât și demonii trăiesc printre oameni. Lucrând împreună pentru a preveni distrugerea lumii, zeitățile rivale abia au reușit să-l sigileze pe Bahamut, fiind de acord să împartă cheia între ele, astfel încât dragonul să rămână închis pentru eternitate.
Cu lumea ferită de distrugerea lui Bahamut, totul este o treabă obișnuită pentru vânătorii de recompense precum Favaro Leone. Trăind un stil de viață relaxat și autoservitor, imoralul Favaro își desfășoară activitatea în timp ce este fugărit de colegul vânător de recompense Kaisar Lidfard, un om drept car-i jură răzbunare lui Favaro. Cu toate acestea, viața lipsită de griji a lui Favaro este aruncată în haos atunci când o întâlnește pe Amira, o femeie misterioasă care deține jumătate din cheia fragilei păci a lumii.
Shingeki no Bahamut: Genesis spune povestea unui grup de eroi neobișnuiți, care se găsesc prinși în mijlocul unei ciocniri epice între zei și demoni, fiind forțați să își croiască propria cale în fața furtunii iminente.