Death City este casa faimoasei Academii Death Weapon Meister (Shibusen), o academie tehnică condusă de Shinigami—Lord Death însuși. Misiunea sa: să pregătească Death Scythes, armele folosite de Shinigami pentru a lupta împotriva numeroaselor forțe malefice din lumea lor fantastică.

Însă aceste Death Scythes nu sunt arme fizice, ci sunt create din hibrizi umani care au abilitatea de a-și transforma corpul în Demon Weapons. Pentru a deveni o Death Scythe, un astfel de hibrid trebuie să devoreze sufletele a 99 de ființe malefice și sufletul unei vrăjitoare.

Soul Eater Evans, o Demon Scythe care pare să fie preocupată doar de ceea ce este „cool”, își dorește să devină o Death Scythe cu ajutorul mânuitoarei sale serioase și disciplinate, Maka Albarn. Cei doi formează un duo contrastant, alături de explozivul Black☆Star și arma sa blândă, Tsubaki, precum și de fiul Shinigami-ului, Death the Kid, un perfecționist obsedat de simetrie, care mânuiește două pistoale gemene, Patty și Liz.

Pe măsură ce îndeplinesc misiuni pentru a colecta suflete și pentru a proteja orașul de amenințările lumii, studenții Shibusen învață și evoluează împreună sub soarele zâmbitor, devenind mai puternici în minte, trup și suflet.