Încă de mic, Natsume Takashi are abilitatea de a vedea nişte entităţi numite „Youkai”, păstrând astfel un secret care avea să îi servească drept povară în viitor, făcându-i viaţa mai dificilă decât era deja.
Totul începe de când Takashi moşteneşte „Cartea Prietenilor” a bunicii sale. Acesta descoperă că bunica lui, Natsume Reiko, a avut aceeaşi abilitate ca el; Takashi înţelegând astfel motivul pentru care era ţinta Youkailor buni sau răi.
După ce a înţeles adevărata însemnătate a Cărţii Prietenilor, care îi permite să manipuleze spiritele listate în acea carte, Natsume pleacă în căutarea Youkailor pentru a elibera spiritele prinse de Reiko, împreună cu garda sa de corp, Madara, un spirit infam.